http://www.araxis.com/merge/scm_integration.html#Git
に書いてあった。
Windowsで使う場合は下記設定を追加すればよいとのこと。
[diff][/diff]
external = C:¥¥Program Files¥¥Araxis¥¥Araxis Merge¥¥araxisgitdiff.exe
renames = true
みんなが同じツールを使うのであれば.gitconfigにいれてコミットしてもいいがとりあえず自分（このマシン）だけですべてのプロジェクトで使うということでglobal configにいれることにした。
msysgitなら以下のようにコマンドを実行すればいけた。
[bash]
git config –global diff.external "/c/Program Files/Araxis/Araxis Merge/AraxisGitDiff.exe"
git config –global diff.renames true
[/bash]
実は最初はcygwinでやっていたが、exeは起動するものの起動引数がうまくわたらないようなので早々にcygwinをあきらめてmsysgitに乗り換えた。