MacBook Proの時計が狂ってると思って設定を見てみるとNTPから時間を取るようにちゃんとなっていてずれているわけではなく、GMT(世界標準時間）になっているということだった。
タイムゾーンをGMTから東京に変えても、変えてもGMTに戻ってしまう。同じ悩みの人がいた。
http://www.tamura-online.com/blog/2009/05/macbook-3–.html
移行アシスタントを使うと発生する問題らしい。ここに書いてあるように
sudo rm -rf /private/etc/localtime
を実行したところ直った。